Estou tentando fazer o check-in usando o celular e está aparecendo a mensagem que a mesa está em uso.

Você provavelmente está usando a opção "Check-in rápido", para fazer check-in em uma mesa que você já fez a reserva, no menu entre 
na opção agendamentos e clique em fazer check-in na reserva. 
Veja o item “2 - Não consigo escanear o QRCode da mesa. Como proceder?”.